Friesland zelf werd ook nog eens in stukken verdeeld door de Middelzee die ontstond door het steeds verder verbreden van de Boorne, een riviertje van de zandgronden die tussen het huidige Ameland en Terschelling in zee kwam (dat zeegat heet nog steeds het Borndiep).
Vanaf de middeleeuwen werd de Friese Middelzee stukje bij beetje weer ingepolderd. Je vind hier geen terpdorpen (want er waren al dijken). Het laatste stuk van de Middelzee was het breedst. Door opslibbing werd het land hier steeds verder opgebouwd (denk aan to built in het Engels). Omdat het land geen eigendom was van de dorpen of gemeenten aan de oever, het lag er te ver vandaan, werd het gebied door de hertog van Saksen, die zich het gebied had toegeigend bedijkt, samen met vier Hollandse edelen. Deze Hollanders hadden door het terugwinnen van land dat bij de Elisabethsvloed (zie dorp van de dag Wieldrecht, 22 maart 2011) verloren was gegaan en het verdedigen daarvan ruime ervaring met het bouwen van dijken. Zij namen daarom mensen uit die streek mee, die de dijken bouwden en de dorpen stichtten: Wijngaarden, Altoenae en Kijfhoek. Later werden deze dorpen Sint Jacobiparoche, Sint Annaparochie en Lieve Vrouwenparochie gedoopt.
Nij Altoenae ontstond als een kleine kern ten noorden van Sint Annaparoche (Altoenae), toen 100 jaar later de Nieuwe Bildtdijk verder richting Waddenzee werd aangelegd. De vooruitgang in 100 techniek om sloten te graven blijkt bij Nij Altoenae mooi uit het verschil in verkaveling ten zuiden en ten noorden van het dorp. Langs de dijk bij Nij Altoenae staan grote boerderijen en kleine (boeren)arbeidershuisjes.Officieel is Nij Altoenae een van de jongste dorpen van Nederland. Het kreeg pas een eigen dorpsstatus op 1 oktober 2006 en een eigen postcode in 2008. Morgen is Nij Altoenae dus vijf jaar!
Nij Altoenae ligt hier